合理的企業設備管理組織機構，應遵循以下主要原則：
（1）應體現統一領導、分級管理原則
建立企業設備管理機構，應根據現代化、社會化大生產的要求，有利于加強企業設備系統的集中統一指揮。統一的原則，在組織理論范疇一般指統一指揮和協調一致，并以此來處理上下級和部門之間的關系。設備管理作為企業管理的重要組成部分，必須列入廠長（經理）工作日程來統一考慮與安排，并由副廠長或總工程師統一指揮與協調企業的設備規劃、購置、使用、維護、修理等各項工作。我國企業內部的設備管理工作，要按照設備副廠長（或副經理）統一指揮。企業內部各級設備管理組織，要按照設備副廠長（或副經理）統一部署開展各項活動，并協同動作、相互配合，以保證企業設備管理系統能夠正常、有序地進行工作。
統一領導要與分級管理相結合。各級設備管理組織在規定職權范圍內處理有關的設備管理業務，并承擔一定的經濟責任。這樣不僅可以充分調動各級設備管理組織的積極性，還可使設備副廠長（或副經理）集中精力研究和解決重大問題，諸如企業設備管理發展的戰略與決策、企業整體技術裝備素質的提高、國外同行業設備技術現代化與設備管理現代化的信息等。
（2）有利于目標管理、有效與精簡的原則
設備管理組織應有利于實現企業生產經營目標與設備系統的分目標，力求精干、簡單、高效、節約。組織的有效性就是要求組織機構及其中的工作人員能夠勝任工作，具有較好的執行力和工作效率。對于設備管理工作而言，就是要消耗最少的資金和能源來爭取較高的設備技術和利用狀況，以保證企業生產經營活動有序、有效進行，從而取得最大投資效益。
精簡是現代管理的基本原則，是根據管理功能科學、合理的設置機構、配備人員，精簡不必要、重復、冗余的機構和人員。減少管理層次，兩層能夠解決問題不設置三層；減少部門，一個能夠完成的工作不設置兩個部門，減少跨越部門的工作流程。
（3）既要有合理分工，又要注意相互協作，貫徹責權利相統一的原則
設備系統的機構應從各項管理職能的業務出發，在機構之間進行合理分工，劃清職責范圍，并在此基礎上加強協作與配合。由于設備管理和各項專業管理之間都有內在的聯系，因此，在實現企業生產經營目標與設備系統分目標的過程中，必須注意它們之間的橫向協調。同時，設備管理各類機構的責、權、利要適應。責任到人就要權力到人，不能有權無責，也不能有責無權，并相應規定必要的獎懲激勵辦法，讓責、權、利得到平衡。
企業設備管理是一項綜合管理工程，既包括食物形態管理，又包括價值形態管理；在實物形態管理中又包括購置、安裝、使用、維護、修理、改造、備件供應等各項工作。因此，除設備管理部門分工負責主要責任外，企業的財務、生產、技術、人力資源、安全環保等部門均承擔相應的責任和分工，從各自的角色向設備系統提供支持。
（4）要貫徹設備綜合管理基本制度的要求
按照設備管理條例，企業設備管理組織應該體現設計、制造與使用相結合、維護與計劃檢修相結合、修理、改造與更新相結合、專業管理與群眾管理相結合、技術管理與經濟管理相結合等內容。
綜上所述，設備管理組織設置的總體原則應為：
1、總經理領導下的總工或經理負責制
設備管理組織屬于企業生產組織架構下的重要模塊，有的企業將生產與設備融為一體進行管理，并不設專門部門。但對于裝置密集、技術密集，自動化流程企業，專門設備部門的設立就十分重要。設備管理部門由部長或者部門經理領導，在公司總經理或者分管生產與設備的副總經理領導，在公司總經理或者分管生產與設備的副總經理直接領導。
2、管理、技術、經濟三位一體
設備管理是集管理方法、工程技術和經濟學為一體的交叉學科。因為其管理的領域恰恰覆蓋人-機界面，從管理上它包含現代管理方法，如項目管理、庫存管理、目標管理、規劃理論、質量管理、人力資源管理等內容；從技術工程上它又包含網絡計劃圖、設備結構、維修技術、人機工學等；從經濟學上它又要不斷運用技術經濟分析、折舊、成本管理、壽命周期費用等經濟概念。
3、組織結構精簡、扁平化
人類的組織結構有逐漸復雜化的傾向。這種復雜化表現出管理層次的縱向增加和組織結構的橫向擴充。層次多意味著信息傳遞和決策速度的下降；機構多意味著辦一件事可能跨越諸多部門，辦事效率下降。更重要的是，又厚又臃腫的機構還會滋生官僚風氣。為了改變這種狀況，越是現代化的企業，就越重視組織機構的橫向精簡和縱向扁平化變革。也就是說，三層管理結構可以管理的組織，就不要增加到四層；能夠在一個部門解決的問題，就不要跨越兩個部門。
4、保持最佳管理幅度原則
按照組織結構扁平的原則，是否可以將管理組織扁平到只有兩層，總經理直接管理者2000~3000員工呢？這可能是最扁平的組織，但顯然是不現實的。其實，人所管理的人群是有限的。一般而言，管理的人員數超過12~20人，就有一定困難。這也是為什么基層班組人員不超過20人為宜的原因。所以，每一層管理者所管理的部門，或者面對的被管理對象，最好不要超過12~20人。
5、最快反應速度和信息反饋
當今是一個信息化和效率化的時代，設備管理經常要面對現代化流程生產體系。設備狀況直接關系到準時交貨、產品質量和生產成本。無論是什么樣的管理組織，都要保證信息的暢通、準確和快速。因此，在組織結構設計時，一定要將反應和反饋速度的要素考慮進去。
6、職、責、權分明
職、責、權分明是任何組織都必須遵循的原則。一定的職務必須賦予支配資源的權利，當然也必須承擔相應的責任。而且，這些權利和責任應該在組織結構設計時明確下來。不過，按照現代管理理念，為了保證管理重心下移，基層員工的權利加大，責任變??；而高層管理者的權利變小，責任變大。當然，這一切需要有一個“度”，是過猶不及的。
7、不拘一格、因廠而宜
當前企業的形式多種多樣。有裝置密集、技術密集型的流程企業，如鋼鐵、石油化工、電力系統；還有勞動力密集分散的單臺設備加工企業，如制鞋、服裝、普通機械制造等生產企業；又高技術單臺自動化設備生產組合流程，如卷煙、制藥、電子產品生產系統；有以管道聯系起來的化工流程，如化肥、牙膏、洗滌用品、石化下游產品生產企業；還有以流水線、帶式輸送機聯系起來的加工組裝流程，如冰箱、彩電、微波爐以及汽車組裝流程；還有那些區域相對獨立的生產系統，如油田采田、聯合處理、鉆井平臺、采礦等。因為生產形式不同，組織的設計可以根據企業生產實際有所不同，要突出針對企業的生產特性，以組織運行效果來檢驗其設計的科學性。
8、淡化邊界，專業覆蓋，短路管理原則
人們總在試圖分清工作責任界限，其實永遠也劃不清。就像足球比賽，雖然有份工，所有隊員都不會拘泥于分工，全體球員為著一個共同目標：攻入對方球門，守住己方球門而努力。維修組織如足球隊，將是無與倫比的。我們主張一專多能，以工序重要度為導向的橫向只會和短路管理。